Situado al oeste de Nijo- Horikawa, el Castillo Nijo fue construido originalmente en 1603 por Leyasu, el primer shogun Tokugawa, para que sirviera como su residencia cuando visitara Kioto. En la época de la Restauración Meiji en 1868, el castillo se convirtió en la sede temporal del gobierno. Fue desde aquí que el emperador Meiji emitió el edicto de abolición del shogunato que dio origen a las transformaciones económicas y sociales que hicieron de Japón un país moderno. Perteneció entonces a la Casa Imperial, siendo traspasado a la ciudad de Kyoto en octubre de 1939.

El castillo es uno de los edificios más espléndidos de Kioto. Mientras fue la residencia del shogun cada detalle reflejaba el lujo que merecía esa posición. Posteriormente, tras el fin del shogunato, entre 1871 y 1884, hubo una temporada durante la que el castillo fue usado como la sede del gobierno de la  Prefectura de Kioto, causándose considerables daños y perdiéndose algunos de los valiosos objetos de arte que se encontraban en el castillo. Posteriormente, desde que se convirtió en una de las Villas Imperiales, se ha intentado restaurar su antiguo esplendor.  De hecho, el su Palacio Ninomaru está considerado un «Tesoro Nacional».

En 1893, el Palacio del Príncipe Katsura, hasta entonces situado dentro de los terrenos del Palacio Imperial de Kioto, fue trasladado al sitio de la torre principal del Castillo de Nijo, que había sido repetidamente destruido por el fuego en el siglo XVIII. En ese lugar se celebró el gran banquete, que formó parte de la Ceremonia de Entronización de 1928. 

Los edificios, patios y jardines del castillo cubren una suprficie total de 28 has. Todo el recinto está rodeado por muros de piedra, con torretas en los accesos y fosos en el exterior. Los visitantes llegan a la visita a través de la Puerta Este de Otemon.

Tras atravesarla se llega poco después a la puerta Kara- mon, también llamado la Puerta de Shikyakumon. Una impresionante puerta bellamente decorada con hermosas tallas de madera y exquisitos trabajos en metal, que antes había formado parte del Castillo Fushimi de Hideyoshi. Dentro de la puerta hay un espacioso patio plantado con pinos, que habrá que cruzar para llegar al Mikurumayose (Acercamiento de Carruajes), cuyo panel superior representa peonías y fénix de árbol tallados en madera, una de las obras cumbres del reputado escultor Jingoro Hidari.

El Primer Edificio consta de numerosas cámaras separadas por pantallas deslizantes. Es la estructura más grande del Castillo de Nijo. Las pinturas de las pantallas deslizantes, atribuidas a Tan-yu Kano (1602-1674) y a su escuela, son obras de arte notables.  La más importante es la  «Cámara del Mensajero Imperial», (Jodan-no-Ma en japonés), en la que destacan las hermosas tallas en los estantes y el gabinete junto a la alcoba. Su techo llama la atención por e artesonado artísticamente decorado.

 En la Segunda Cámara (Ni-no-Ma) hay algunas pinturas interesantes de bambú con tigres y leopardos. Este motivo decorativo se repite en las siguientes cámaras. Otra de las características comunes a todas las cámaras del castillo son los suelos vigilantes, pues los suelos de madera del pasillo están diseñados para que cuando alguien camine sobre ellos haga un sonido algo chirriante; uno de los dispositivos de alarma diseñados para proteger el castillo de los intrusos. 

El Segundo Edificio, al que se accede por una galería desde el Primer Edificio, consta de tres cámaras. La central fue instalada para los ministros del shogun cuando lo atendían en sus visitas a Kioto. 

El Tercer Edificio consiste en el Gran Salón y otras cuatro cámaras. El Gran Salón constituía la sala de audiencias del shogun, incluyendo el asiento elevado donde se sentaba. El suelo de la sala consiste en una sola pieza de madera keyaki de 5,5 m. de longitud y 18 cm. de grosor. Los estantes y el gabinete están profusamente decorados, mientras que las puertas corredizas tienen pinturas de inmensos pinos. El pino es un símbolo de longevidad. El techo también tiene elaborados diseños pintados sobre un fondo dorado. 

El espejo de la segunda cámara en el lado norte presenta algunos pinos y pavos reales atribuidos a Jingoro Hidari, un afamado artista.  La última cámara  tiene una pintura de cigarra en las puertas corredizas, que están hechas de cedro japonés. 

El Cuarto Edificio tiene una cámara con gansos salvajes pintados en las puertas corredizas. Los estantes junto a la alcoba exhiben algunos objetos de cloisonné. La puerta de madera del lado oriental de la sala de espera está decorada con una pintura de una garza (otro símbolo de longevidad) posada en el borde de un barco, atribuida a Naonobu Kano (1607-1650).  

El Quinto Edificio contiene los apartamentos privados del shogun, llamado Shiroshoin, donde las decoraciones de los paisajes montañosos en blanco y negro son tenues, pero refinadas. 

El jardín del Castillo de Nijo se encuentra al suroeste del Gran Salón de Audiencias.

Originalmente, no había árboles, ya que las hojas que caían eran un doloroso recordatorio a los guerreros de la mutabilidad de las cosas. Los árboles que crecen que ahora se plantaron en los últimos años, cambiando bastante el aspecto original.