A pesar de estar en pleno Trópico de Cáncer, la altitud y la protección de las montañas hacen que las temperaturas de Yunnan sean por lo general moderadas, con veranos frescos e inviernos suaves. No obstante, existen importantes diferencias entre unas regiones y otras. En las mesetas elevadas del noroeste, de población tibetana, los inviernos son realmente fríos, especialmente por las noches, alcanzándose durante varios meses temperaturas por debajo de cero; en la zona subtropical de la prefectura de Xishuangbanna, hace calor en cambio durante todo el año.

            En general no se puede decir que existan cuatro estaciones en Yunnan, sino una estación de lluvias influida por los monzones que suele durar desde el final de mayo al fin de septiembre, que en las regiones meridionales dificulta o llega a impedir la comunicación más allá de las principales vías asfaltadas, y una estación seca, que dura el resto del año. En toda la provincia se ve una acumulación de las lluvias en julio y agosto, meses que en algunas regiones concentran el 80% de la pluviosidad anual. El viajero que se dirija a estas tierras debe tener en cuenta las importantes variaciones climáticas de una región a otra, pues mientras en Kunming, la capital, durante la primavera se está cómodo en mangas de camisa, en Shangrilá puede hacer falta un jersey y un anorak plumífero, y en Xishuangbanna se estará rezando porque el tiempo refresque aunque sea con un poco de lluvia.

            En general se puede viajar cómodamente por todo el centro del país durante la mayor parte del año, pero si llega una ola de frío, o está prevista su llegada, puede resultar penoso para muchos viajeros pues la mayoría de los hoteles, incluso los de 4 y 5 estrellas, no tienen la calefacción adecuada. Además, dada la compleja orografía de la provincia, hay zonas del sur, como las Terrazas de Yuanyang, en las que hace bastante frío durante el invierno.

            Hay que actuar como la población local y llevar siempre una paraguas a mano y un sombrero sobre la cabeza, pues cuando hace sol, dada su situación meridional, brilla con fuerza y un día de actividades al exterior bajo el sol de Yunnan puede causar problemas a las personas con pieles sensibles