La geografía de Yunnan es eminentemente montañosa, a excepción de las grandes llanuras ocupadas por la municipalidad de Kunming y distritos cercanos, el paisaje de Yunnan consiste en montañas, montañas y montañas. Desde las escarpadas cumbres de la parte occidental, que pertenecen todavía a las estribaciones orientales de la Cordillera del Himalaya, entre las que destacan por su altura y significado el Monte Kawarkapo o Meli Xueshan, que con 6.300 metros es el más alto de la provincia, o por su belleza e interés turístico las montañas Baima shan y Yulong Xueshan (Del Dragón de Jade), a las suaves colinas de sus prefecturas más orientales, el viajero se encontrará irremediablemente ante un paisaje montañoso. El centro de la provincia está atravesado del norte al sur por los montes Ailaoshan, que sin alcanzar alturas espectaculares, se extienden durante kilómetros y kilómetros, constituyendo una barrera natural que ha mantenido aisladas a numerosas poblaciones.

            Por los valles situados entre las montañas, donde se han establecido todos los núcleos de población de alguna importancia, discurren numerosos ríos, que en algunas ocasiones han excavado profundas gargantas aislando poblaciones y contribuyendo a la emergencia de ecosistemas únicos. El río Mekong (Lancang en chino), que atraviesa la parte occidental de la provincia de norte a sur, y el río Rojo (Honghe en chino), que desde la parte central se abre camino hasta la frontera con Vietnam en el sudeste, son los dos ríos más importantes, aunque el río Yangtze (llamado Jinshajiang en la zona) riega y define el paisaje de buena parte del noroeste de Yunnan, el Salween (Nujiang en chino) se abre camino en su extremo occidental, y los afluentes que darán origen al río Zhujiang, en el oriental. La interacción entre estas montañas y ríos ha creado algunos de los paisajes más bellos de nuestro planeta, como el conjunto de los Tres Ríos en Paralelo (Yangze, Mekong y Salwen), la Garganta del Salto del Tigre en el río Yangtze, o los cultivos en terrazas de Yangyuan.

            El mayor lago de Yunnan es el lago Dianchi, al sudeste de Kunming, con 309 km² y una profundidad media de 5 metros. El Lago Erhai, con forma de oreja, de ahí su nombre, en realidad se le debería llamar Lago Er, pues “hai” significa lago, tiene 265 km2 y una profundidad media de 6 metros. El Lago Fuxian, cerca de Yuxi, le sigue en importancia. El Lago Chenghai, al este de Lijiang, casi desconocido para el mundo del turismo, es uno de los mejor conservados, y se ha convertido en una de las bases para el cultivo de espirulina natural, un alga medicinal bien cotizada en los mercados internacionales por su capacidad de reducir el colesterol. El más bello posiblemente sea el lago Lugu, conocido en los ambientes antropológicos por ser el hogar de la minoría Moso, famosa por su sistema matriarcal.